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       刚开始做克隆转化的时候，不明白为什么每个菌落中只有一种质粒，为什么一个细菌中只能存在一种质粒？后来知道，这是“质粒不相容性”的结果。

       两种不同的质粒不能同时并存于同一宿主的细胞之内。互不相容的质粒群体可以被认为属于同样不相容的类别。对于大肠杆菌来说，已知有25个以上的不相容群体。

       同种的或亲缘关系相近的两种质粒不能同时稳定地保持在一个细胞内的现象，称为质粒的不相容性(plasmid incompatibility)，它是指在第二个质粒导入后，在不涉及 DNA 限制系统时出现的现象。不相容的质粒一般都利用同一复制系统，从而导致不能共存于同一宿主中。质粒的不相容性是质粒分类的重要标志。例如colEI派生质粒，它们之间是互不相容的，也就是说，这些亲缘关系较近的不同质粒，当两种进入同一细胞后，必定有一种在细胞的增殖过程中，被逐渐排斥(稀释)掉。称这些质粒间是不相容的。

       彼此不相容的质粒属于同一个不亲和群Gneompatiblity group)。而彼此能够共存的亲和质粒，则属于不同的不亲和群。大肠杆菌质粒现已鉴别出25个以上的不亲和群。它们之间是相容的，而同一个不亲和群内的质粒是不相容的。

       如果使带有同种的或亲缘关系相近质粒的细菌彼此杂交，质粒DNA的传递可受抑制，但这种称为表面排斥（surface exclusion），以便与不相容性相区别。不相容现象的机制尚未详细阐明，可能是在质粒DNA复制的某个阶段起相互排斥的作用。这种现象是质粒分类的主要指标。此外，整合到寄主染色体中的质粒和自主性质粒之间也具有不相容性，例如在大肠杆菌的Hfr菌株细胞中，自主性质粒F因子就不能稳定地保持。

       有人曾用E. coli作过一个关于“质粒不相容性与拷贝数的关系”的实验。从实验我们知道质粒不相容的现象与质粒拷贝数及分离调控有关。一个相容群(Compatibilitygroup) 定义为一组在同种细菌细胞内不能共存的质粒,它们不相容的原因是它们在一些对质粒存在很重要的过程中不能彼此区分,而DNA 的复制和分离就是这种过程。质粒不相容性的负控制(Negative control) 模型符合这样的观点，即拷贝数控制是通过合成衡量原点浓度的抑制物完成的(这与调控细菌染色体复制的滴定模型相同)。

       我们可用同一相容群中另一种质粒的形式引入新原点模拟原有质粒的复制，这时存在两个原点，所以进一步的复制被抑制，直到两个质粒被分配到不同的细胞中，形成正确的复制前拷贝数。

       如果负责将产物分配到子细胞中的系统不能识别两个质粒则会出现相似的效应。例如，如果两个质粒有相同的顺式作用分离位点，它们之间的竞争就会保证将它们分离到不同的细胞中，在相同的品系中不能存活。从它们的目的来说质粒是自私的。进入细菌后，驻留的质粒阻止其它相同的质粒进入。质粒不相容性(Incompatibility) 是建立这些区域性权利的主要手段。一个相容群中一个成员的存在不能直接影响属于另一群的质粒存活。给定的相容群(带有单拷贝质粒)中只有一个复制子能留在细菌中，但不与其它相容群中的复制子相互作用(尽管在有限的条件下，它们能竞争lebensraum)。

       有人做过实验，如果两个质粒带有不同的抗性筛选标记，即使他们属于同一不相容群，如果持续的用抗性压力的情况下，两个质粒仍然可以在同一个细菌里面。当然在没有抗性压力的情况下，其中一个质粒很快就会丢失。